PostDoctoral Position : Image-Based Drug Screening Against Bacterial Pathogens — EPFL

Description complète

Mission

Un poste postdoctoral est disponible au laboratoire du Prof. Alex Persat (École des sciences de la vie de l'EPFL, https://www.p-lab.science/ ) pour établir une nouvelle plateforme de dépistage des médicaments à base d'images ciblant les pathogènes gram-négatifs ( Klebsiella pneumoniae , Acinetobacter baumannii , Pseudomonas aeruginosa ). Le projet combinera des approches d'imagerie monocellulaire et monobactérienne avec les modèles d'infection conçus par les tissus du laboratoire pour identifier et caractériser les composés actifs contre ces pathogènes prioritaires.

Principales fonctions et responsabilités

• Concevoir et construire un pipeline de dépistage phénotypique à base de microscopie (imagerie en direct, haute teneur, résolution d'une cellule) pour tester l'activité du composé
• Élaborer des tests d'imagerie capables de distinguer le mécanisme d'action (p. ex. inhibition de la croissance, perturbation du biofilm/de l'attachement, intégrité de la membrane)
• Développer ou adapter des pipelines d'analyse et de quantification d'images avec le support AI pour gérer les données à l'échelle de l'écran
• Suivi des résultats du dépistage afin d'identifier leur cible moléculaire ou leur mécanisme d'action (p. ex. par des approches génétiques, chimiques-biologiques ou biophysiques), avec l'appui de l'expertise d'autres membres du laboratoire en microbiologie et en découverte de médicaments
• Collaborer avec les efforts de découverte et de conception du laboratoire (produits naturels, conception moléculaire compatible avec l'IA) afin d'alimenter les cibles prioritaires et de revenir à la conception en amont
• Appliquer le pipeline aux écrans dans la culture standard et, en collaboration avec d'autres membres du laboratoire, les modèles d'infection organo-dépendants du groupe (voie aérienne, intestin) pour prioriser les impacts physiologiques pertinents
• Co-superviser les doctorants et contribuer au développement des méthodes, à la gestion des données et à l'établissement de rapports sur les subventions

Profil

• PhD en microbiologie, en biophysique, en bioingénierie ou dans un domaine connexe (achevé ou presque terminé) avec au moins une première publication d'auteur.
• Expérience pratique de la microscopie quantitative (imagerie à cellules vivantes, dépistage à haute teneur ou imagerie à cellules ou à bactéries)
• Confort avec les pipelines d'analyse d'images et le script (Python), l'expérience intégrant l'analyse d'images basée sur ML est un plus mais pas nécessaire
• Intérêt à travailler à travers l'interface de l'imagerie, de la microbiologie et de la découverte de médicaments

Nous offrons

• L'occasion de construire une nouvelle plate-forme de contrôle à partir du sol, avec une propriété importante sur la conception du pipeline
• Accès à l'infrastructure existante du laboratoire en matière d'imagerie et de biophysique et aux systèmes de modèles d'infection conçus pour les tissus
• Intégration au sein du consortium NCCR AntiResist, avec accès à un large réseau de groupes axés sur l'AMR en Suisse
• Salaire compétitif (voir barème des traitements postdoc de l'EPFL)
• Soutien aux demandes de bourses indépendantes (EMBO, HFSP, MSCA) le cas échéant

Informations

Les candidats doivent soumettre

• Une lettre de présentation (PDF, jusqu'à 2 pages) décrivant les intérêts, les réalisations et l'adéquation de la recherche
• Un CV avec liste de publications
• Coordonnées de 3 arbitres

Informations complémentaires

• Date de début du contrat : négociable
• Pour toute question informelle, veuillez contacter: [email protected]
• Demandes acceptées uniquement par le portail des carrières de l'EPFL

Taux d'activité : 100,00

Type de contrat: CDD

Durée: 1 an, renouvelable

Référence: 2441

Questions sur cette offre