Bioinformatician (m/f) 80-100% - in translational research teams in pediatric cancer — Universitäts-Kinderspital Zürich

Description complète

Vos responsabilités

• En tant que partenaire informatique clé dans un environnement de recherche collaboratif, vous fournirez une expertise en bioinformatique à l'échelle des groupes de recherche, développerez des flux de travail d'analyse reproductibles, intégrerez divers ensembles de données omiques et transformerez des données complexes en données biologiques significatives.
• Dans ce rôle, l'analyse des données de séquençage à haut débit (WGS, WES, RNA-seq, RNA-seq à cellule unique et ATAC-seq), ainsi que des ensembles de données métabolomiques et protéomiques, seront une responsabilité centrale.
• Votre expertise sera essentielle pour développer, optimiser et maintenir des pipelines de calcul robustes et reproductibles pour les appels de variante, l'analyse d'expression différentielle et les flux de travail bioinformatiques connexes.
• Un aspect clé de votre travail sera l'intégration des ensembles de données publiques sur la génomique du cancer à des données expérimentales internes et externes pour soutenir des projets de recherche novateurs.
• En travaillant en étroite collaboration avec des chercheurs de diverses disciplines, vous fournirez un soutien statistique, créerez des visualisations de données perspicaces et contribuerez à l'interprétation biologique de ensembles de données complexes.
• En appuyant l'infrastructure de calcul du laboratoire, vous conserverez des dépôts de code, améliorerez la documentation du workflow et assurerez une gestion efficace du stockage des données.
• Vos contributions s'étendront à la préparation de manuscrits scientifiques, de demandes de subvention et de rapports d'étape de la recherche. Votre profil
• Comment présenter une demande : Soumettre un seul PDF contenant une lettre de motivation (max. 2 pages), votre CV, la liste de publication et les coordonnées de deux références
• Diplôme : Maîtrise ou doctorat en bioinformatique, en biologie informatique, en informatique ou dans un domaine analytique connexe
• Programmation & informatique: Compétence en Python ou R, script shell (Bash) dans un environnement Linux/Unix, et expérience de travail avec le calcul haute performance (HPC) ou des environnements cloud (AWS/GCP)
• NGS & workflows: Expérience éprouvée dans l'analyse des données de séquence de prochaine génération (NGS) (l'expérience avec l'analyse à cellule unique est un plus) et la familiarité avec les systèmes de gestion des flux de travail tels que Nextflow et Snakemake
• Langue: Excellente capacité de communication écrite et parlée en anglais
• Domaine : Expérience de recherche préalable en hémato-oncologie, immunologie ou métabolisme du cancer
• Single-cell: Expérience pratique avec l'analyse de données multiomiques monocellulaires (Seurat, Scanpy)
• Spectrométrie de masse: Expérience en analyse de données métabolomiques ou lipoomiques
• Statistiques: Forte fondation en biostatistique et applications d'apprentissage automatique en oncologie Leal Oburoglu, Ph.D. Assistant de recherche Kinderspital Zürich en tant qu'employeur Kinderspital Zürich est le plus grand hôpital universitaire pour enfants en Suisse avec environ 2 500 employés et est l'un des principaux centres de médecine pédiatrique et juvénile en Europe. Bien que l'hôpital soit grand, ce sont les petits qui comptent : jusqu'à 100 000 patients sont soignés chaque année dans 47 facultés, où nous faisons tout ce qui est en notre pouvoir pour assurer leur bien-être. «Kispi» offre non seulement des dispositifs de pointe et la plus haute qualité de soins, mais aussi un bon sens des problèmes interpersonnels. Outre son large éventail d'établissements de médecine pédiatrique et de chirurgie, l'hôpital pour enfants offre également un centre de réadaptation unique et un centre de recherche.