Bioinformatician – Single-Cell Omics in Vascular & Skeletal Muscle Biology — ETH Zürich

Vollständige Beschreibung

Bioinformatiker - Single-Cell Omics in Vascular & Skeletal Muscle Biology

100%, Zürich, befristet

Das Labor für Bewegung und Gesundheit, geleitet von Prof. Dr. Katrien De Bock vom Department of Health Sciences and Technology (D-HEST), ETH Zürich, bietet eine befristete Stelle für einen Bioinformatiker (Postdoc-Ebene) an, um die Einzelzell- und räumlichen Transkriptomikanalysen im Labor von Exercise and Health zu leiten.

Projekthintergrund

Das Labor für Bewegung und Gesundheit untersucht, wie die mikrovaskuläre Nische des Muskels - und insbesondere heterogene und spezialisierte Endothelzellen (EC) -Subpopulationen - mit anderen Nischenzellen (z. B. Makrophagen, Perizyten, fibro-adipogene Vorläufer) interagieren, um die Homöostase des Skelettmuskels aufrechtzuerhalten, und wie die Störung dieses Übersprechens zur Muskelfunktionsstörung beiträgt. Die Forschung des Labors für Bewegung und Gesundheit kombiniert menschliche Patientenproben, Maus-genetische Modelle, Einzelzell- und räumliche Transkriptomik und in vivo Zell-Zell-Interaktionsverfolgung mit CRISPR-Störung, um die Kommunikation zwischen EC und Nischen mechanistisch zu zerlegen.

Das Labor bietet eine hochgradig kooperative, internationale Forschungsumgebung an der Schnittstelle von Gefäßbiologie, Muskelphysiologie und Stoffwechsel. Weitere Informationen zum Labor finden Sie unter www.musec.ethz.ch

Stellenbeschreibung

Sie werden alle Einzelzell- und räumlichen Transkriptomikarbeiten leiten, eng mit einem internationalen Team von Doktoranden und Postdocs zusammenarbeiten und in direkter Zusammenarbeit mit Prof. De Bock. Spezifische Verantwortlichkeiten umfassen:

• Entwerfen, Ausführen und Interpretieren von scRNAseq-Analysen von menschlichen (Patienten-abgeleiteten) und Maus-Skelettmuskelproben, wobei Zell(unter)populationen identifiziert und kommentiert werden. Diskutieren und entwerfen Sie anschließende Nasslaborexperimente mit Kollegen.
• Integration von scRNAseq-Datensätzen mit anderen Omics-Informationen, einschließlich räumlicher Transkriptomik, ATAC-Sequenzierung, Metabolomik und/oder Multiplex-Bildgebungsdaten.
• Führen Sie die Datenintegration zwischen Spezies (Mensch und Maus) durch, um konservierte und divergente zelluläre und molekulare Signaturen von PAD zu identifizieren.
• Anwendung und Weiterentwicklung von Rechenwerkzeugen für die Analyse der Zell-Zell-Kommunikation (Liganden-Rezeptor-Wechselwirkungen und Signalwege) und Constraint-basierte metabolische Modellierungswerkzeuge (z. B. COMPASS, scFEA), um Transkriptionszustände mit dem Zellstoffwechsel zu verknüpfen.
• Analysieren Sie Einzelzelldatensätze, die aus in vivo Zell-Zell-Interaktions-Tracing-Modellen generiert wurden.
• Durchführung von Pseudobulk- und Differentialexpressionsanalysen (z. B. edgeR) von scRNAseq/5'ECCITE-seq-Daten aus CRISPR-Störschirmen.
• In-silico-Störungsansätze anwenden, um mögliche Regulatoren für zelluläres Crosstalk für die nachgelagerte funktionale Validierung zu nominieren.
• Bauen, dokumentieren und pflegen Sie reproduzierbare Bioinformatik-Pipelines und unterstützen Sie andere Labormitglieder mit Transkriptomik- und Genomikdaten.
• Entwerfen von Shiny-Apps zur Datenvisualisierung für die interne und möglicherweise externe Verwendung in Publikationen.
• Tragen Sie zur Erstellung von Manuskripten, zur Datenvisualisierung und zur Projektberichterstattung bei und bleiben Sie mit den aufkommenden Einzelzellen- und räumlichen Genomikmethoden auf dem Laufenden.

Profil

• PhD-Abschluss in Bioinformatik, Computerbiologie, Computergenomik oder einem verwandten quantitativen Bereich.
• Demonstrierte praktische Erfahrungen bei der Analyse von Einzelzell-RNA-Sequenzierungsdaten (z. B. Seurat, Scanpy) aus der Rohdatenverarbeitung durch nachgelagerte Analysen
• Erfahrungen mit räumlicher Transkriptomik sind ein starkes Plus.
• Hervorragende Scripting- und Datenanalysefähigkeiten in R und / oder Python mit fundierten Kenntnissen der relevanten Bioconductor / Scverse-Pakete.
• Starke Erfahrung mit kollaborativen Entwicklungsumgebungen (z.B. GitHub/GitLab), Versionskontrolle und Pflege gut dokumentierter, wiederverwendbarer Repositories.
• Arbeitserfahrung mit Hochleistungs-Computing-Umgebungen.
• Ein starkes Interesse an Skelettmuskelphysiologie und / oder Gefäßbiologie; vorherige Forschungsexposition in diesen Bereichen ist ein Plus, aber nicht erforderlich.
• Gutes Verständnis für biologische Forschungsfragen und Begeisterung für eine enge Zusammenarbeit mit Nasslaborforschern.
• Starke Kommunikationsfähigkeiten, ein teamorientierter und serviceorientierter Ansatz und die Fähigkeit, unabhängig zu arbeiten und einen Forschungsbereich zu übernehmen.
• Fortgeschrittene Englischkenntnisse.

Wir bieten

Eine einzigartige Gelegenheit, den Workflow der Einzelzellgenomik in einem dynamischen, kollaborativen und international ausgerichteten Labor zu leiten. Sie haben Zugang zu modernster Infrastruktur an der ETH Zürich, dedizierten Rechenressourcen und engen Interaktionen mit anderen Bioinformatikern innerhalb des Instituts sowie dem Functional Genomics Center Zürich (www.fgcz.ch ). Wir bieten ein wettbewerbsfähiges Gehalt gemäß den Vorschriften der ETH Zürich.

Im Einklang mit unseren Werten fördert die ETH Zürich eine inklusive Kultur. Wir fördern Chancengleichheit, schätzen Vielfalt und fördern ein Arbeits- und Lernumfeld, in dem die Rechte und die Würde aller unserer Mitarbeiter und Studenten respektiert werden. Website für Chancengleichheit und Vielfalt

Wir legen Wert auf Vielfalt und Nachhaltigkeit

Im Einklang mit unseren Werten fördert die ETH Zürich eine inklusive Kultur. Wir fördern Chancengleichheit, schätzen Vielfalt und fördern ein Arbeits- und Lernumfeld, in dem die Rechte und die Würde aller unserer Mitarbeiter und Studenten respektiert werden. Besuchen Sie unsere Website für Chancengleichheit und Vielfalt, um herauszufinden, wie wir ein faires und offenes Umfeld gewährleisten, in dem jeder wachsen und gedeihen kann. Nachhaltigkeit ist für uns ein zentraler Wert – wir arbeiten konsequent auf eine klimaneutrale Zukunft hin.

Neugierig? Wir sind es auch.

Wir freuen uns auf Ihre Online-Bewerbung mit folgenden Unterlagen:

• CV
• Eine kurze Erklärung der Motivation und Forschungsinteressen (max. eine Seite)
• Kontaktangaben zu zwei Referenzen

Weitere Informationen zum Labor finden Sie auf unserer Website oder über LinkedIn (Katrien De Bock). Fragen zur Position sollten an Prof. Dr. Katrien De Bock, [email protected] (keine Bewerbungen).

Bitte beachten Sie, dass wir ausschließlich Bewerbungen annehmen, die über unser Online-Bewerbungsportal eingereicht werden. Bewerbungen per E-Mail oder Post werden nicht berücksichtigt.

Wir weisen darauf hin, dass die Vorauswahl durch die verantwortlichen Recruiter und nicht durch künstliche Intelligenz erfolgt.

Über die ETH Zürich

Die ETH Zürich ist eine der weltweit führenden Universitäten, die sich auf Wissenschaft und Technologie. Wir sind bekannt für unsere hervorragende Ausbildung, Spitzenforschung und direkter Wissenstransfer in die Gesellschaft. Über 30.000 Menschen aus mehr als 120 Ländern finden unsere Universität ein Ort zu sein, der unabhängiges Denken und eine Umwelt, die Exzellenz inspiriert. Im Herzen Europas gelegen, Dennoch knüpfen wir Verbindungen auf der ganzen Welt, um Lösungen für die globalen Herausforderungen von heute und morgen zu entwickeln.