Bioinformatician (m/f) 80-100% - in translational research teams in pediatric cancer — Universitäts-Kinderspital Zürich

Vollständige Beschreibung

Ihre Verantwortung

• Als wichtiger Computerpartner in einer kollaborativen Forschungsumgebung stellen Sie Bioinformatik-Expertise in Forschungsgruppen zur Verfügung, entwickeln reproduzierbare Analyse-Workflows, integrieren verschiedene Omik-Datensätze und übersetzen komplexe Daten in sinnvolle biologische Erkenntnisse.
• In dieser Rolle wird die Analyse von Hochdurchsatz-Sequenzierungsdaten (WGS, WES, RNA-seq, Einzelzell-RNA-seq und ATAC-seq) sowie metabolomische und proteomische Datensätze eine zentrale Aufgabe sein.
• Ihr Fachwissen ist für die Entwicklung, Optimierung und Wartung robuster und reproduzierbarer Rechenpipelines für Variantenaufrufe, Differentialausdruckanalysen und verwandte Bioinformatik-Workflows unerlässlich.
• Ein wichtiger Aspekt Ihrer Arbeit wird die Integration von öffentlichen Krebsgenomik-Datensätzen mit internen und externen experimentellen Daten sein, um innovative Forschungsprojekte zu unterstützen.
• In enger Zusammenarbeit mit Forschern aus allen Disziplinen bieten Sie statistische Unterstützung, erstellen aufschlussreiche Datenvisualisierungen und tragen zur biologischen Interpretation komplexer Datensätze bei.
• Durch die Unterstützung der Recheninfrastruktur des Labors pflegen Sie Code-Repositories, verbessern die Workflow-Dokumentation und gewährleisten ein effektives Datenspeichermanagement.
• Ihre Beiträge erstrecken sich auf die Erstellung wissenschaftlicher Handschriften, Förderanträge und Forschungsfortschrittsberichte. Dein Profil
• So bewerben Sie sich: Senden Sie ein einzelnes PDF mit einem Anschreiben (max. 2 Seiten), Ihrem Lebenslauf, Publikationsliste und Kontaktdaten für zwei Referenzen
• Grad: Master oder PhD in Bioinformatik, Computational Biology, Informatik oder einem verwandten analytischen Bereich
• Programmieren und Rechnen: Kenntnisse in Python oder R, Shell-Scripting (Bash) in einer Linux/Unix-Umgebung und Erfahrung mit High-Performance Computing (HPC) oder Cloud-Umgebungen (AWS/GCP)
• NGS & Workflows: Nachgewiesene Erfolgsbilanz bei der Analyse von NGS-Daten (Erfahrung mit Einzelzellenanalyse ist ein Plus) und Vertrautheit mit Workflow-Management-Systemen wie Nextflow und Snakemake
• Sprache: Ausgezeichnete schriftliche und gesprochene englische Kommunikationsfähigkeiten
• Domäne: Vorheriger Forschungshintergrund in der Hämatoonkologie, Immunologie oder Krebsstoffwechsel
• Single-cell: Praktische Erfahrung mit Single-Cell-Multi-Omics-Datenanalyse (Seurat, Scanpy)
• Massenspektrometrie: Erfahrung in der Metabolomik oder Lipidomik Datenanalyse
• Statistik: Starkes Fundament in der Biostatistik und maschinellen Lernanwendungen in der Onkologie Leal Oburoglu, Ph.D. Forschungsassistent Kinderspital Zürich als Arbeitgeber Kinderspital Zürich ist mit rund 2.500 Mitarbeitern die größte universitäre Kinderklinik der Schweiz und eines der führenden Zentren für Kinder- und Jugendmedizin in Europa. Obwohl das Krankenhaus groß sein mag, sind es die Kleinen, die zählen: Bis zu 100.000 Patienten werden jedes Jahr in 47 Fakultäten betreut, wo wir alles in unserer Macht Stehende tun, um ihr Wohlbefinden zu gewährleisten. 'Kispi' bietet nicht nur modernste Geräte und höchste Pflegequalität, sondern auch ein gutes Gespür für zwischenmenschliche Probleme. Neben dem umfangreichen Angebot an pädiatrischen und chirurgischen Einrichtungen bietet das Kinderkrankenhaus auch ein einzigartiges Rehabilitations- und Forschungszentrum.