Bioinformatician – Single-Cell Omics in Vascular & Skeletal Muscle Biology — ETH Zürich
- Ort
- Zurich
- Vertrag
- fixed-term
- Veröffentlicht
- Gestern
Rollenüberblick
Bioinformatician – Single-Cell Omics in Vascular & Skeletal Muscle Biology
100%, Zurich, fixed-term print Drucken
The Laboratory of Exercise and Health, headed by Prof.
- Bioinformatician – Single-Cell Omics in Vascular & Skeletal Muscle Biology
- 100%, Zurich, fixed-term print Drucken
- Specific responsibilities include:
- Design, execute, and interpret scRNAseq analyses of human (patient-derived) and mouse skeletal muscle samples, identifying and annotating cell (sub)populations.
Hauptaufgaben
- Specific responsibilities include:
- Design, execute, and interpret scRNAseq analyses of human (patient-derived) and mouse skeletal muscle samples, identifying and annotating cell (sub)populations.
- Discuss and design follow-up wet lab experiments with colleagues.
- Integrate scRNAseq datasets with other omics information, including spatial transcriptomics, ATAC sequencing, metabolomics and/or multiplex imaging data.
- Perform cross-species (human–mouse) data integration to identify conserved and divergent cellular and molecular signatures of PAD.
Bewerbungsprozess
- and further develop computational tools for cell-cell communication analysis (ligand-receptor interactions and signaling pathways) and constraint based metabolic modeling tools (e.g.
- COMPASS, scFEA) to link transcriptional states to cell metabolism.
- Analyze single-cell datasets generated from in vivo cell-cell interaction tracing models.
- Perform pseudobulk and differential expression analyses (e.g. edgeR) of scRNAseq/5’ECCITE-seq data from CRISPR perturbation screens.
- in silico perturbation approaches to nominate candidate regulators of cellular crosstalk for downstream functional validation.
- Build, document, and maintain reproducible bioinformatics pipelines, and support other lab members with transcriptomics and genomics data.
- Designing Shiny apps for data visualization for internal and possibly external use in publications.
- Contribute to manuscript preparation, data visualization, and project reporting, and stay current with emerging single-cell and spatial genomics methods. Profile
Weitere Details
- 100%, Zurich, fixed-term
- Katrien De Bock at the Department of Health Sciences and Technology (D-HEST), ETH Zurich, is offering a fixed-term position for a bioinformatician (postdoctoral level) to lead the single-cell and spatial transcriptomics analyses within the laboratory of Exercise and Health. Project background
- For more information on the lab, visit www.musec.ethz.ch
- Apply and further develop computational tools for cell-cell communication analysis (ligand-receptor interactions and signaling pathways) and constraint based metabolic modeling tools (e.g.
- Apply in silico perturbation approaches to nominate candidate regulators of cellular crosstalk for downstream functional validation.
- Contribute to manuscript preparation, data visualization, and project reporting, and stay current with emerging single-cell and spatial genomics methods.
- A strong interest in skeletal muscle physiology and/or vascular biology; prior research exposure to these fields is a plus but not required. Good understanding of b
Notizen und Originalinhalt
- Katrien De Bock at the Department of Health Sciences and Technology (D-HEST), ETH Zurich, is offering a fixed-term position for a bioinformatician (postdoctoral level) to lead the single-cell and spatial transcriptomics analyses within the laboratory of Exercise and Health.
- Project background
- Job description
- A strong interest in skeletal muscle physiology and/or vascular biology; prior research exposure to these fields is a plus but not required.
- Good understanding of b
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Welches Gehalt bietet ETH Zürich für diese Stelle?
ETH Zürich gibt CHF 73'500 - 111'500 brutto pro Jahr für diese Position in Zurich an. Dies ist das im Original-Inserat veröffentlichte Gehalt (oder, falls der Arbeitgeber keinen Betrag nennt, eine realistische Schätzung für Rolle und Branche) — der Rechner auf dieser Seite berechnet daraus Ihr tatsächliches Netto nach Grenzgänger-Steuer und Sozialabgaben.
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