Doctoral Position in Groundwater Microbial and Viral Ecology and Environmental Bioinformatics — ETH Zürich

Descrizione completa

Posizione dottorale in Microbial e Viral Ecologia e Bioinformatica ambientale

100%, Zurigo, a tempo determinato

Il gruppo Geomitigation of Greenhouse Gases di ETH Zürich sta attivamente reclutando un candidato medico altamente motivato e curioso con un forte interesse per la microbiologia ambientale, il ciclismo biogeochimico e la bioinformatica. La posizione è parte di un progetto interdisciplinare SNSF recentemente finanziato che indaga su come le comunità microbiche e virali influenzano il ciclismo al carbonio nei sistemi di acque sotterranee. Il progetto riunisce ecologia microbica e virale, genomica ambientale e idrogeochimica per comprendere meglio come i processi biologici influenzano il destino del carbonio nella subsuperficie.

Sfondo del progetto

Le acque sotterranee rappresentano una componente importante ma poco conosciuta del ciclo globale del carbonio. Mentre le interazioni acqua-rock influenzano fortemente la chimica delle acque sotterranee, le comunità microbiche trasformano attivamente il carbonio attraverso diversi percorsi metabolici, e i virus possono inoltre regolare questi processi attraverso l'infezione e la riprogrammazione metabolica. Tuttavia, come le comunità microbiche e virali rispondono ai cambiamenti nell'età delle acque sotterranee e nella geochimica, e come queste interazioni influenzano il ciclismo al carbonio, rimane in gran parte sconosciuto.

In questo progetto, studierai la diversità microbica e virale, l'attività metabolica e l'adattamento evolutivo attraverso gradienti di età delle acque sotterranee. Combinando metagenomics, metatranscriptomics e metagenomics virale con misurazioni idrogeochimiche, esplorerai come il metabolismo microbico e le interazioni con virus-host influenzano il ciclismo al carbonio nella sottosuperficie.

Descrizione del lavoro

• Analizzare i dataset di sequenziamento di grandi dimensioni ambientali metagenomic, metatranscriptomic e virali per indagare la diversità microbica e virale, l'attività e la funzione nei sistemi di acque sotterranee
• Caratterizzare il potenziale metabolico microbico e l'attività, con particolare attenzione ai percorsi coinvolti nel ciclismo al carbonio e alle loro risposte alle condizioni ambientali
• Indaga le dinamiche della comunità microbica e virale, le interazioni con i virus e l'adattamento evolutivo attraverso l'età delle acque sotterranee e i gradienti geochimici
• Integrare i dataset multi-omici ambientali con misurazioni idrogeochimiche per comprendere meglio i processi biologici che influenzano il ciclismo subsuperficie del carbonio
• Eseguire le estrazioni di DNA e RNA da campioni ambientali e contribuire a analisi complementari di laboratorio, tra cui l'abbondanza di cellule microbiche e le misurazioni di attività utilizzando citometria di flusso e microscopia
• sintetizzare i risultati della ricerca in manoscritti scientifici e i risultati attuali in conferenze e workshop internazionali
• Collaborare a stretto contatto con il Principal Investigator, partner di progetto, un altro studente di dottorato che lavora sull'idrogeochemistria delle acque sotterranee, e altri membri del gruppo, contribuendo a un ambiente di ricerca solidale e comunicativo

Profilo

Stiamo cercando un candidato curioso, indipendente e motivato da domande all'intersezione di ecologia microbica, evoluzione e biogeochimica ambientale. Ti piace lavorare con grandi dataset biologici e sono entusiasti di utilizzare approcci computazionali per capire come i microrganismi e i virus interagiscono con i loro ambienti.

• Una laurea in microbiologia, ecologia microbica, bioinformatica, biologia computazionale, geobiologia, o una disciplina strettamente correlata
• Esperienza pratica precedente con analisi dei dati metagenomica o approcci bioinformatica ambientale strettamente correlati
• Esperienza di lavoro in ambienti di riga di comando Linux/Unix e familiarità con i flussi di lavoro di biologia computazionale
• Esperienza con almeno un linguaggio di programmazione o scripting, come Python, R o Bash
• Una forte comprensione dell'ecologia microbica, della fisiologia e/o del metabolismo
• Eccellente analitica e problem solving competenze, tra cui la capacità di lavorare con complessi dataset biologici
• Creatività, curiosità e motivazione per esplorare nuove domande di ricerca e approcci computazionali
• Capacità di lavorare sia indipendentemente che come parte di un team interdisciplinare collaborativo
• Ottimo parlato e scritto inglese

L'esperienza con metagenomics, metatranscriptomics, genomica comparativa, o calcolo ad alte prestazioni è particolarmente vantaggiosa. L'esperienza precedente con l'estrazione del DNA e/o del RNA da campioni ambientali è anche auspicabile. Uno sfondo in microbiologia delle acque sotterranee, geochimica ambientale, o ciclismo biogeochimico è utile ma non richiesto.

Offriamo

• Un ambiente di ricerca collaborativo: si unirà a un gruppo di ricerca entusiasta, inclusivo e altamente collaborativo dove la ricerca di alta qualità, la discussione aperta e il pensiero scientifico creativo sono fortemente apprezzati. Potrai beneficiare di un ambiente dipartimentale dinamico con ampia competenza, eccellenti infrastrutture di ricerca e opportunità di scambio interdisciplinare
• Mentorialità e sviluppo di carriera: Riceverai una guida diretta dal PI e una guida specializzata nella bioinformatica ambientale, ecologia microbica e ecologia virale dal partner scientifico del progetto,
• Mentorialità e sviluppo della carriera: parteciperai alla più ampia comunità accademica attraverso pubblicazioni e presentazioni a conferenze scientifiche
• Mentorialità e sviluppo della carriera: Ulteriori opportunità di sviluppo sono disponibili attraverso l'insegnamento di assistenti, corsi di dottorato ETH, e la formazione di competenze trasferibili
• Accesso ai dataset multi-omici e alle risorse computazionali: lavorerai con i dataset di sequenziamento delle acque sotterranee su larga scala, metatranscriptomic e virali e avrai accesso all'infrastruttura computazionale di ETH Zürich e alle risorse per la bioinformatica ambientale, fornendo opportunità per sviluppare e applicare approcci computazionali avanzati a importanti questioni nell'ecologia microbica e nella biogeochemica
• Uno spazio di lavoro favorevole e inclusivo: ci impegniamo a creare un ambiente di lavoro rispettoso, inclusivo e costruttivo
• Uno spazio di lavoro di supporto e inclusivo: si possono discutere accordi di lavoro flessibili, compatibili con le responsabilità di laboratorio e di progetto
• Condizioni e benefici per l'occupazione: offriamo una posizione Dottorale di 48 mesi completamente finanziata, con questo, ci si può aspettare numerosi benefici, come i biglietti della stagione dei trasporti pubblici e la condivisione delle auto, una vasta gamma di sport offerti dalla ASVZ, l'assistenza all'infanzia, e le interessanti prestazioni pensionistiche

Apprezziamo la diversità e la sostenibilità

In linea con i nostri valori, ETH Zurich incoraggia una cultura inclusiva. Promuoviamo l'uguaglianza di opportunità, la diversità di valore e nutrire un ambiente di lavoro e di apprendimento in cui i diritti e la dignità di tutto il nostro staff e gli studenti sono rispettati. Visita il nostro sito web Equal Opportunities and Diversity per scoprire come garantiamo un ambiente equo e aperto che permetta a tutti di crescere e fiorire. La sostenibilità è un valore fondamentale per noi – stiamo costantemente lavorando verso un futuro neutro dal clima.

Curioso? Anche noi.

Saremo lieti di ricevere la vostra domanda online fino al 30 novembre 2026 con i seguenti documenti:

• Lettera di copertura che descrive le vostre motivazioni e interessi di ricerca (max. 2 pagine)
• Curriculum Vitae (max. 2 pagine)
• Trascrizioni di Bachelor e Master
• Master Diploma (copia digitale)
• Dettagli di contatto per due riferimenti accademici (senza lettere di riferimento necessarie)

Ulteriori informazioni sul Geological Institute possono essere trovate sul nostro sito web . Le domande relative alla posizione devono essere indirizzate al Prof. Nicole Fernandez-Franzan, [email protected] (nessuna domanda).

Si prega di notare che accettiamo esclusivamente le applicazioni inviate tramite il nostro portale di applicazioni online. Le applicazioni via e-mail o servizi postali non saranno considerate.

Ci metteremo in contatto con voi dopo 2 - 3 settimane dopo la scadenza di presentazione.

La posizione è completamente finanziata per 4 anni, con una data di inizio prevista del 1o marzo 2027.

Informazioni su ETH Zürich

ETH Zurich è una delle università più importanti del mondo specializzata in scienza e tecnologia. Siamo rinomati per la nostra eccellente educazione, ricerca fondamentale all'avanguardia e trasferimento diretto di nuove conoscenze nella società. Oltre 30.000 persone provenienti da più di 120 paesi università per essere un luogo che promuove il pensiero indipendente e un ambiente che ispira eccellenza. Situato nel cuore dell'Europa, ancora forgiando connessioni in tutto il mondo, lavoriamo insieme a sviluppare soluzioni per le sfide globali di oggi e domani.

Domande frequenti su questo annuncio