Bioinformatician – Single-Cell Omics in Vascular & Skeletal Muscle Biology — ETH Zürich

Descrizione completa

Bioinformaticista – Omics monocellulari in Biologia muscolare vascolare e scheletale

100%, Zurigo, a tempo determinato

Il Laboratorio di Esercizio e Salute, guidato dal Prof. Il Dr. Katrien De Bock presso il Dipartimento di Scienze della Salute e Tecnologia (D-HEST), ETH Zurich, sta offrendo una posizione a tempo determinato per un bioinformatico (livello postdoctoral) per condurre le analisi transcriptomiche monocellulari e spaziali all'interno del laboratorio di Esercizio e Salute.

Sfondo del progetto

Il Laboratorio di Esercizio e Salute indaga su come la nicchia microvascolare muscolare – e in particolare le sottopopolazioni endoteliali eterogenee e specializzate (EC) – interagisce con altre cellule di nicchia (ad esempio macrofagi, pericytes, progenitori fibro-adipogenitori) per mantenere l'omeostasi muscolare scheletrica, e come la rottura di questo crosstalk contribuisce a dis. La ricerca del Laboratorio di Esercizio e Salute combina campioni di pazienti umani, modelli genetici del topo, trascrittura monocellulare e spaziale, e interazione cellulare in vivo che traccia con la perturbazione CRISPR per la comunicazione meccanistica di nicchia EC.

Il laboratorio offre un ambiente di ricerca internazionale altamente collaborativo all'interfaccia di biologia vascolare, fisiologia muscolare e metabolismo. Per ulteriori informazioni sul laboratorio, visitare il sito www.musec.ethz.ch

Descrizione del lavoro

Condurrai tutti i lavori trascrittorimici monocellulari e spaziali, lavorando a stretto contatto con un team internazionale di dottorandi e postdoc e in collaborazione diretta con il Prof. De Bock. Le responsabilità specifiche includono:

• Progettare, eseguire e interpretare le analisi scRNAseq di campioni muscolari scheletrico umano (paziente-derivato) e del topo, identificare e annotare le cellule (sotto)popolazioni. Discutere e progettare esperimenti di laboratorio bagnato follow-up con i colleghi.
• Integrare i dataset scRNAseq con altre informazioni omiche, tra cui la trascrizione spaziale, il sequenziamento ATAC, la metabolomica e/o i dati di imaging multiplex.
• Eseguire l'integrazione dei dati trasversali (umano-mouse) per identificare le firme cellulari e molecolari conservate e divergenti del PAD.
• Applicare e sviluppare ulteriormente gli strumenti computazionali per l'analisi della comunicazione cellulare (interazione con gli adattatori e le vie di segnalazione) e strumenti di modellazione metabolica basati sui vincoli (ad esempio COMPASS, scFEA) per collegare gli stati trascrizionali al metabolismo cellulare.
• Analizzare i set di dati a celle singole generati dai modelli di tracciamento dell'interazione cellulare in vivo.
• Eseguire analisi di espressione pseudobulk e differenziale (ad esempio edgeR) di dati scRNAseq/5’ECCITE-seq da schermi di perturbazione CRISPR.
• Applicare in silico perturbazione approcci per nominare i regolatori candidati di crosstalk cellulare per la validazione funzionale a valle.
• Costruire, documentare e mantenere oleodotti bioinformatici riproducibili e supportare altri membri del laboratorio con dati transcriptomici e genomici.
• Progettazione di app Shiny per la visualizzazione dei dati per uso interno ed eventualmente esterno nelle pubblicazioni.
• Contribuisci alla preparazione del manoscritto, alla visualizzazione dei dati e alla reportistica del progetto, e rimani corrente con metodi di genomica monocellulare e spaziale emergenti.

Profilo

• Laurea in bioinformatica, biologia computazionale, genomica computazionale, o un campo quantitativo relativo.
• Esperienza dimostrata pratica analizzando i dati di sequenziamento del RNA a singola cella (ad esempio Seurat, Scanpy) dall'elaborazione dei dati grezzi attraverso l'analisi a valle; l'esperienza con la trascrizione spaziale è un vantaggio forte.
• Eccellente capacità di scrittura e analisi dei dati in R e/o Python, con una conoscenza approfondita dei relativi pacchetti Bioconductor/scverse.
• Forte esperienza con ambienti di sviluppo collaborativi (ad esempio GitHub/GitLab), controllo delle versioni e mantenimento di repository ben documentati e riutilizzabili.
• Esperienza di lavoro con ambienti di calcolo ad alte prestazioni.
• Un forte interesse per la fisiologia muscolare scheletrica e/o la biologia vascolare; l'esposizione preliminare di ricerca a questi campi è un plus ma non richiesto.
• Buona comprensione delle domande di ricerca biologica e l'entusiasmo per una stretta collaborazione con i ricercatori bagnati.
• Forte capacità di comunicazione, un approccio orientato al team e orientato al servizio, e la capacità di lavorare in modo indipendente e prendere la proprietà di un'area di ricerca.
• Competenza avanzata in inglese.

Offriamo

Un'occasione unica per guidare il flusso di lavoro genomica monocellulare in un laboratorio dinamico, collaborativo e orientato a livello internazionale. Avrete accesso all'infrastruttura all'avanguardia dell'ETH di Zurigo, alle risorse computazionali dedicate e alle interazioni ravvicinate con altri bio-informatici all'interno dell'istituto e al Functional Genomics Center di Zurigo (www.fgcz.ch ). Offriamo uno stipendio competitivo in linea con le normative ETH Zurich.

In linea con i nostri valori, ETH Zurich incoraggia una cultura inclusiva. Promuoviamo l'uguaglianza di opportunità, la diversità di valore, e nutrire un ambiente di lavoro e di apprendimento in cui i diritti e la dignità di tutto il nostro staff e gli studenti sono rispettati. Sito web di pari opportunità e diversità

Apprezziamo la diversità e la sostenibilità

In linea con i nostri valori, ETH Zurich incoraggia una cultura inclusiva. Promuoviamo l'uguaglianza di opportunità, la diversità di valore e nutrire un ambiente di lavoro e di apprendimento in cui i diritti e la dignità di tutto il nostro staff e gli studenti sono rispettati. Visita il nostro sito web Equal Opportunities and Diversity per scoprire come garantiamo un ambiente equo e aperto che permetta a tutti di crescere e fiorire. La sostenibilità è un valore fondamentale per noi – stiamo costantemente lavorando verso un futuro neutro dal clima.

Curioso? Anche noi.

Non vediamo l'ora di ricevere la tua domanda online con i seguenti documenti:

• CV
• Una breve dichiarazione di motivazione e interessi di ricerca (max. una pagina)
• Dettagli di contatto di due riferimenti

Ulteriori informazioni sul laboratorio possono essere trovate sul nostro sito web o tramite LinkedIn (Katrien De Bock). Le domande relative alla posizione devono essere indirizzate al Prof. Dr. Katrien De Bock, [email protected] (nessuna domanda).

Si prega di notare che accettiamo esclusivamente le applicazioni inviate tramite il nostro portale di applicazioni online. Le applicazioni via e-mail o servizi postali non saranno considerate.

Vorremmo sottolineare che la pre-selezione è effettuata dai reclutatori responsabili e non dall'intelligenza artificiale.

Informazioni su ETH Zürich

ETH Zurich è una delle università più importanti del mondo specializzata in scienza e tecnologia. Siamo rinomati per la nostra eccellente educazione, ricerca fondamentale all'avanguardia e trasferimento diretto di nuove conoscenze nella società. Oltre 30.000 persone provenienti da più di 120 paesi università per essere un luogo che promuove il pensiero indipendente e un ambiente che ispira eccellenza. Situato nel cuore dell'Europa, ancora forgiando connessioni in tutto il mondo, lavoriamo insieme a sviluppare soluzioni per le sfide globali di oggi e domani.