Bioinformatician (m/f) 80-100% - in translational research teams in pediatric cancer — Universitäts-Kinderspital Zürich

Descrizione completa

Le tue responsabilità

• In qualità di partner computazionale chiave all'interno di un ambiente di ricerca collaborativo, fornirete competenze di bioinformatica nei gruppi di ricerca, sviluppando flussi di lavoro di analisi riproducibili, integrando diversi set di dati omici e traducendo dati complessi in significative intuizioni biologiche.
• In questo ruolo, analizzando i dati di sequenziamento ad alto rendimento (WGS, WES, RNA-seq, RNA-seq a singola cella e ATAC-seq), così come i dataset metabolomici e proteomici, saranno una responsabilità centrale.
• La vostra esperienza sarà essenziale per lo sviluppo, l'ottimizzazione e il mantenimento di linee di calcolo robuste e riproducibili per la chiamata variante, l'analisi di espressione differenziale e i relativi flussi di lavoro di bioinformatica.
• Un aspetto chiave del vostro lavoro sarà l'integrazione dei dataset genomica del cancro pubblico con dati sperimentali interni ed esterni per sostenere progetti di ricerca innovativi.
• Lavorando a stretto contatto con i ricercatori attraverso le discipline, forniremo supporto statistico, creare visualizzazioni di dati approfondite e contribuire all'interpretazione biologica di set di dati complessi.
• Supportando l'infrastruttura computazionale del laboratorio, si manterrà repository di codici, migliorare la documentazione del flusso di lavoro e garantire una gestione efficace dell'archiviazione dei dati.
• I vostri contributi si estenderanno alla preparazione dei manoscritti scientifici, delle domande di sovvenzione e delle relazioni sui progressi della ricerca. Il tuo profilo
• Come applicare: Inserisci un singolo PDF contenente una lettera di copertura (max 2 pagine), il tuo CV, l'elenco di pubblicazione e i dettagli di contatto per due riferimenti
• Laurea: Master o PhD in Bioinformatica, Biologia computazionale, Scienza informatica o un campo analitico correlato
• Programmazione & calcolo: Proficienza in Python o R, scripting shell (Bash) in un ambiente Linux/Unix e esperienza di lavoro con High-Performance Computing (HPC) o ambienti cloud (AWS/GCP)
• NGS & workflow: Provato record di traccia nell'analisi dei dati di Next-Generation Sequencing (NGS) (l'esperienza con l'analisi di singole celle è un plus) e la familiarità con i sistemi di gestione del flusso di lavoro come Nextflow e Snakemake
• Lingua: Eccellente scritto e parlato inglese competenze di comunicazione
• Dominio: Priore background di ricerca in emato-oncologia, immunologia o metabolismo del cancro
• Single-cell: Esperienza a mano con analisi dati multi-omica a singola cella (Seurat, Scanpy)
• spettrometria di massa: esperienza in metabolomics o analisi dei dati lipidomics
• Statistiche: Forte fondazione in biostatistica e applicazioni di machine learning in oncologia Leal Oburoglu, Ph.D. Ricerca Assistant Kinderspital Zürich come datore di lavoro Kinderspital Zürich è il più grande ospedale universitario per bambini in Svizzera con circa 2.500 dipendenti, ed è uno dei principali centri di medicina pediatrica e giovanile in Europa. Anche se l'ospedale può essere grande, sono i piccoli che contano: fino a 100.000 pazienti sono curati per ogni anno attraverso 47 facoltà, dove facciamo tutto nel nostro potere per garantire il loro benessere. 'Kispi' offre non solo dispositivi all'avanguardia e la massima qualità di cura, ma anche un buon senso di questioni interpersonali. Accanto alla sua vasta gamma di servizi di medicina pediatrica e di chirurgia, l'ospedale per bambini offre anche un centro di riabilitazione unico e un centro di ricerca.