Doctoral Student in High-throughput Analysis of Protein-Protein Interactions — ETH Zürich

Descrizione completa

Dottorato in analisi ad alto rendimento delle interazioni proteico-proteina

100%, Basilea, a tempo determinato

Il Nash Lab (Lab for Engineering Synthetic Systems) è associato congiuntamente al Dipartimento di Chimica dell'Università di Basilea e al Dipartimento di Scienze e Ingegneria dei Biosistemi dell'ETH di Zurigo (situato a Basilea). Lavoriamo all'interfaccia dell'ingegneria proteica, della biofisica molecolare e della biologia sintetica, sviluppando nuovi approcci sperimentali e computazionali per comprendere e progettare proteine per applicazioni biomediche e industriali utili. La nostra ricerca combina lo screening ad alto rendimento, l'evoluzione diretta e i metodi biofisici monomolecola, e abbraccia progetti dalla scienza delle proteine fondamentale alle applicazioni traduttive.

Sfondo del progetto

Molte proteine del corpo umano sperimentano lo stress del cesoio e altri tipi di forza meccanica, e questo si ritiene di svolgere un ruolo centrale nella loro attività. Tuttavia ci mancano ancora tecniche ad alto rendimento per misurare come le proteine rispondono alla forza meccanica. Questo progetto svilupperà metodi ad alto rendimento che coinvolgono la visualizzazione superficiale molecolare e la sequenziamento profondo per studiare il comportamento dipendente dalla forza nei sistemi proteici. Questi set di dati saranno, a loro volta, utilizzati per formare modelli di apprendimento automatico in grado di prevedere comportamenti meccanici di sistemi molecolari e cellulari.

Come prova del concetto, applicheremo questa piattaforma per studiare le interazioni centrali a coagulazione del sangue, con rilevanza diretta alla malattia di Von Willebrand, un disturbo di sanguinamento comune. Lo Studente Dottorale lavorerà all'interfaccia dell'ingegneria proteica, della biofisica monomolecola e dell'apprendimento automatico, in stretta collaborazione con un gruppo di biologia computazionale (Beerenwinkel) a D-BSSE. Il progetto offre una formazione pratica attraverso l'intera pipeline, dal design sperimentale ad alto rendimento alla modellazione predittiva, e i metodi e i dataset risultanti sono destinati a servire come risorsa aperta per la più ampia comunità di ricerca.

Descrizione del lavoro

• Stabilire e convalidare un saggio quantitativo e ad alto rendimento per misurare la stabilità meccanica di un'interazione proteica rilevante alla coagulazione del sangue
• Risultati di analisi ad alto rendimento cross-validate contro le misure AFM
• Progettare e costruire librerie di variante del DNA e visualizzarle sul lievito
• Applicare il sequenziamento del DNA di prossima generazione per quantificare i fenotipi
• Sviluppare pipeline computazionali per convertire i dati di sequenziamento in valori di fitness quantitativi
• Collaborare con un gruppo di biologia computazionale a D-BSSE per sviluppare e confrontare i modelli di machine learning
• Preparare i dati e i manoscritti per la pubblicazione e i risultati attuali in riunioni di laboratorio e conferenze
• Iscrivetevi e completate i requisiti del programma D-BSSE Doctoral a Basilea
• Contribuire all'insegnamento universitario e alla supervisione pratica presso l'Università di Basilea

Profilo

• Laurea Magistrale in bioingegneria, ingegneria chimica, biochimica, biologia molecolare, biofisica, o un campo correlato
• Un forte background quantitativo e un autentico interesse per l'ingegneria proteica, la mechanobiologia e/o i metodi sperimentali ad alto rendimento
• Esperienza pratica con tecniche di biologia molecolare e di espressione proteica; prima esposizione al display del lievito, evoluzione diretta, o biofisica monomolecola (ad esempio, AFM) è un vantaggio ma non richiesto
• Comfort con, o la volontà di imparare, l'analisi computazionale di grandi set di dati di sequenziamento (Python o equivalente); l'esperienza con l'apprendimento automatico è un plus
• Lavoro sperimentale indipendente e attento, combinato con la capacità di collaborare tra due gruppi di ricerca e due istituzioni
• Volontà di contribuire all'insegnamento di livello di laurea / pratiche di chimica
• Fluente scritto e parlato inglese
• Ammissibilità per l'iscrizione al programma D-BSSE Doctoral a Basilea

Offriamo

• A Doctoral Position con supervisione primaria del Prof. Michael Nash e co-supervisione del Prof. Niko Beerenwinkel, combinando lavoro sperimentale e computazionale
• Iscrizioni nel programma D-BSSE Doctoral, con accesso al suo corso, serie di seminari e ambiente di formazione interdisciplinare
• Un laboratorio ben attrezzato a Mattenstrasse 22, 4058 Basilea con espressione proteica consolidata, display lievito, AFM e infrastrutture ad alto rendimento, oltre al supporto del personale scientifico e tecnico senior di laboratorio
• Chiudere la mentorship da un PI con un record di traccia consolidato in ingegneria proteica e biofisica monomolecolare, e la collaborazione con un gruppo di biologia computazionale leader
• Finanziamento per partecipare a conferenze internazionali e presentare il vostro lavoro
• Un team internazionale e interdisciplinare di energie Dottorali Studenti, postdoc e scienziati
• Esposizione a progetti in corso di commercializzazione della tecnologia
• Un progetto collaborativo e interdisciplinare che comprende l'ingegneria molecolare, la mechanobiologia, lo screening ad alto rendimento e l'apprendimento automatico, con rilevanza diretta a una medicina clinica
• stipendio competitivo secondo gli standard salariali medici svizzeri

Apprezziamo la diversità e la sostenibilità

In linea con i nostri valori, ETH Zurich incoraggia una cultura inclusiva. Promuoviamo l'uguaglianza di opportunità, la diversità di valore e nutrire un ambiente di lavoro e di apprendimento in cui i diritti e la dignità di tutto il nostro staff e gli studenti sono rispettati. Visita il nostro sito web Equal Opportunities and Diversity per scoprire come garantiamo un ambiente equo e aperto che permetta a tutti di crescere e fiorire. La sostenibilità è un valore fondamentale per noi – stiamo costantemente lavorando verso un futuro neutro dal clima.

Curioso? Anche noi.

Non vediamo l'ora di ricevere la tua domanda online con i seguenti documenti:

• Lettera di copertura indirizzata al Prof. Michael Nash, descrivendo quello che hai raggiunto finora, in quale direzione vuoi lavorare, e perché (una a due pagine)
• CV dettagliato, incluso un elenco di qualsiasi pubblicazione o prestampa
• Trascrizioni di tutti i gradi in inglese, con la scala grading locale, che ETH richiede per l'ammissione di dottorato
• La tesi del Master o un rapporto di progetto rappresentativo, in inglese. Una bozza o una versione in uscita va bene se non hai ancora finito
• Fino a due delle vostre pubblicazioni o prestampa, se li avete. Non ci aspettiamo pubblicazioni in questa fase, ma se avete scritto qualcosa vorremmo leggerlo
• Nomi e informazioni di contatto di almeno due riferimenti, di solito il vostro supervisore di tesi (Le lettere di riferimento sono facoltative)

Ulteriori informazioni sul laboratorio sono disponibili sul nostro sito web . Le domande relative alla posizione devono essere indirizzate a Michael Nash, [email protected] (nessuna domanda).

Si prega di notare che accettiamo esclusivamente le applicazioni inviate tramite il nostro portale di applicazioni online. Le applicazioni via e-mail o servizi postali non saranno considerate.

Vorremmo sottolineare che la pre-selezione è effettuata dai reclutatori responsabili e non dall'intelligenza artificiale.

Informazioni su ETH Zürich

ETH Zurich è una delle università più importanti del mondo specializzata in scienza e tecnologia. Siamo rinomati per la nostra eccellente educazione, ricerca fondamentale all'avanguardia e trasferimento diretto di nuove conoscenze nella società. Oltre 30.000 persone provenienti da più di 120 paesi università per essere un luogo che promuove il pensiero indipendente e un ambiente che ispira eccellenza. Situato nel cuore dell'Europa, ancora forgiando connessioni in tutto il mondo, lavoriamo insieme a sviluppare soluzioni per le sfide globali di oggi e domani.

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